Не совсем, вам нужно немного пройти через заднюю дверь.
Прежде всего, убедитесь, что вы правильно включили jQuery (WP включает в себя копию):
<?php wp_enqueue_script("jquery"); ?>
В заголовок включите скрипт плагина, как обычно, например,
<script type='text/javascript' src='source/script.js'></script>
А затем, когда вы пишете свой скрипт, убедитесь, что он находится в режиме без конфликтов:
(function($){
$(document).ready(function(){
//Scripts go in here!
});
})(jQuery);
А затем вставьте фактический скрипт в оболочку jQuery, не конфликтующую.
Надеюсь, это поможет.