Из официального документа написано:
Если вы не используете qmake, необходимо выполнить следующие шаги: сначала запустите программу rc для файла .rc, затем свяжите ваше приложение с результирующим файлом .res.
Я пробовал несколько раз, это должно быть сделано, как показано ниже:
1. Добавьте файл ресурсов ico в ваш проект;
2. Переименуйте файл "yourappico.ico";
3. перестройте проект, чтобы сгенерировать файл yourapp.res;
4. свяжите ваше приложение с результирующим файлом .res.
(Projects-> Properties-> Linker-> Input-> Assembly link resource)