Файлы War являются стандартными (WAR - расшифровывается как Web ARchive)
Вы можете развернуть jar-файл в файл war или вы можете развернуть jar-файл в пути к классам сервера, но вы можете развернуть jar-файл в папках lib большинства серверов.
Не знаю, почему вы не хотите развертывать файл WAR для веб-приложения.
Существуют веские причины для двух других: если то, что у вас есть, является приложением, то снова идите с принятым способом ведения дел, если у вас возникнут проблемы, вы всегда можете получить поддержку стандартным способом выполнения действий.