В SQL Management Studio (2008) можно щелкнуть правой кнопкой мыши базу данных, выбрать параметр «Задачи», а затем параметр «Создать сценарии». Мастер проведет вас через создание сценария или сценариев для всего, что вам нужно в вашей базе данных. Затем вы можете использовать эти сценарии в C # для создания таблиц / процедур / чего угодно.
Edit:
Следующий фрагмент кода должен выполнять сценарии sql с инструкциями GO в них (во всяком случае, на SQL 2008)
string script = File.ReadAllText("script.sql");
Microsoft.SqlServer.Management.Smo.Server server = new Microsoft.SqlServer.Management.Smo.Server();
server.ConnectionContext.LoginSecure = false;
server.ConnectionContext.Login = "user";
server.ConnectionContext.Password = "pass";
server.ConnectionContext.ServerInstance = "instance";
server.Databases["master"].ExecuteNonQuery(script);