Была такая же проблема.
Вы должны попробовать указать путь к месту расположения ваших файлов, из которого запускается ant, а не только относительный каталог внутри него.
Похоже, что javac не может правильно определить пакеты, если они не совпадают с теми, что указаны в вашей сборке, начиная с того, как вы их указали. И поэтому он просто компилирует все в этих случаях. Этот вид имеет смысл, если задуматься, несмотря на некоторые недостатки. Пути в том, что уже построено, должны точно соответствовать тому, что должно быть скомпилировано. Он просто не может заглядывать в будущее и разрешать полные пути, когда ему не предписано запускаться из того же базового каталога, который записан в каталог «build».
Если ваш код в / blah / build / com / blah / configuration / ..., попробуйте
<javac srcdir="/blah/" destdir="${build_env}">
...
</javac>
или
<javac destdir="${build_env}">
<src path="blah/"/>
...
</javac>