Не уверен на 100%, если это то, что вы хотели. Возможно, вам придется уточнить ваш вопрос больше. Вы имеете в виду, что передаете имя файла через аргументы командной строки?
Вы можете добавить файл к пути:
Run Menu->Run Configurations...->Arguments Tab, затем в Program Arguments добавить имя файла ввода.
Надеюсь, это поможет!