Если вы запускаете командную оболочку только для запуска сценария perl, ответ Аркаитца Хименеса должен сработать (я за это проголосовал)
Если нет, вы можете создать командный файл, например runmyscript.bat
, с содержанием:
@echo off
perl myscript.pl
exit
exit
завершит сеанс оболочки (и в качестве побочного эффекта завершит сам пакетный скрипт).