Отказ от ответственности: мой ответ полностью основан на копании самих файлов.
.app s - пакеты приложений. Они содержат исполняемый файл, файл Info.plist, значок, образ запуска и некоторые другие ресурсы приложения. Пакеты приложений - единственные, которые фактически устанавливаются на ваше устройство.
.ipa - это архивы, в которых содержит .app пакетов, а также некоторые другие файлы, предназначенные только для использования iTunes, например iTunesArtwork. Именно так iTunes управляет приложениями, и, насколько я могу судить, они не имеют ничего общего с самими приложениями, кроме информации из App Store.
Я не работал с экспортом Flash CS5 на iPhone, но вы можете просто перетащить файл .ipa в iTunes, и он появится в списке приложений.
А также возможно ли разработать приложение для iphone в Adobe Flash Professional CS5?
Возможно, в том смысле, что программное обеспечение вашего iPhone не будет зависать постоянно или что-то в этом роде, но, как сказали phwd и David, ваше приложение не попадет в App Store.