Попробуйте что-то вроде следующего в системе posix:
find ./ -name "FolderX" | xargs svn delete --force
При этом будут найдены все соответствующие файлы / папки, начиная с текущего каталога, и выполнено с ними действие, т.е. удаление svn. Я не уверен, как это сделать в Windows, хотя без Cygwin.
Для win32 нижеприведенный комментарий предлагает аналогичное решение (cmd):
for /R . %1 in (*.EXT) do svn delete %1