Кажется, что общий вопрос заключается в том, хотите ли вы классифицировать по действиям / глаголам (то есть папке «Команды») или по целям / существительным (папки для базы данных, расчета и т. Д.). Какой бы путь вы ни выбрали, вы можете попытаться быть последовательными (используйте тот же подход с представлениями и виджетами, что и с командами и т. Д.).
Несколько соображений, о которых я могу подумать:
Есть ли что-то еще, что также попадет в папки Project / Database / etc или только команды? Если бы только команды, это могло бы упростить вещи просто иметь папку Commands, так что вам не нужно выбирать хорошую папку верхнего уровня для каждой новой команды. Например, куда вы помещаете команду, которая выполняет вычисления для значений базы данных?
Если вы собираетесь использовать большое количество команд (где «large» несколько плохо определено), наличие дополнительного уровня каталогов может быть неплохо.
По моему опыту, вопрос о том, как организовать код, всегда раздражает. Если ничего не помогло, вы должны просто выбрать опцию и пойти с ней, а затем изменить ее, если решите, что сделали неправильный выбор.