Абсолютно.
Вызов PageMethod из ASP.NET AJAX или jQuery или любого другого используемого вами javascript-кода отправляет асинхронный HTTP-запрос (A в AJAX), и выполнение другого javascript на странице может продолжаться. Вызов ASP PageMethod не отличается от любого другого вызова AJAX.
Вы можете совершать столько вызовов AJAX одновременно, сколько пожелаете, и по мере выполнения вызова вы будете каким-то образом предоставлять метод обратного вызова, содержащий javascript, который будет выполняться при получении ответа от сервера.