Конечно, это возможно, все, что вам нужно сделать, - это спроектировать шифрование и сжатие и реализовать обратные операции в PHP - но зачем это делать:
<?php
`gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=unencrypted.pdf -c .setpdfwrite -f encrypted.pdf`;
?>
С