Развертывание новой версии вашего приложения приводит к тому, что App Engine раскручивает совершенно новый набор виртуальных машин с вашим новым кодом, переносит трафик со старых виртуальных машин на новые, а затем завершает работу старых (при условии развертывания версия по умолчанию). Ни в коем случае ваш сервис не работает - трафик плавно переходит от старого экземпляра к новому.