Я думаю, что это происходит из-за того, что IE читает элемент управления, предоставляемый через COM, в то время как .NET использует свой собственный apprach, который читает из файла манифеста.
Попробуйте вызвать Application.EnableVisualStyles перед загрузкой формы. Это сработало для меня.