Упрощенная переносимость между различными механизмами БД (скажем, завтра вы решите перейти на sqlite, или PostgreSQL, или ...) и более высокий уровень абстракции (и, следовательно, потенциально более высокую производительность).
Вот некоторые из хороших причин. Есть также некоторые плохие причины для использования ORM, например, нежелание изучать SQL, но я подозреваю, что SQLAlchemy, в частности, не особо одобряется людьми из-за таких плохих причин, почему нужно ORM, а не чистый SQL;