Сценарии, добавленные с использованием .innerHTML, не будут выполняться, поэтому вам придется справиться с этим самостоятельно.
Один простой способ - извлечь сценарии и выполнить их
var response = "html\<script type=\"text/javascript\">alert(\"foo\");<\/script>html";
var reScript = /\<script.*?>(.*)<\/script>/mg;
response = response.replace(reScript, function(m,m1) {
eval(m1); //will run alert("foo");
return "";
});
alert(response); // will alert "htmlhtml"
Это позволит извлечь сценарии, выполнить их и заменить на «» в исходных данных.