Разве вы не можете изменить версию в сборках в элементе компиляции?
<compilation debug="true">
<assemblies>
<add assembly="System.Core, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089" />
<add assembly="System.Web.Extensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35" />
<add assembly="System.Data.DataSetExtensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089" />
<add assembly="System.Xml.Linq, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089" />
</assemblies>
</compilation>