Вы не можете добавить ссылку на проект, так как это вещь Visual Studio.
Я предлагаю, чтобы в процессе разработки вызывали import
(IronPython) или require
(IronRuby) с полным путем сборки вашего проекта, например c: \ dev \ MyProject \ bin \ Debug \ MyProject.dll.