Я бы рискнул предположить, что Eclipse переназначил значение системного свойства java.library.path для своих собственных целей. Это системное свойство, которое используется для загрузки собственных библиотек.
Я бы предложил попробовать настроить его, отредактировав eclipse.ini, но если код отлично работает вне Eclipse, почему это вообще проблема?