Пока номер версии отличается (что потребуется), вы можете указать правильную версию через файл web.config. Вот как у меня настроены вещи в одном из моих приложений для ссылки на правильную версию Crystal Reports, так как у нас в GAC несколько версий:
<system.web>
<compilation>
<assemblies>
<add assembly="CrystalDecisions.Web, Version=11.5.3700.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=692FBEA5521E1304"/>
<add assembly="CrystalDecisions.Shared, Version=11.5.3700.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=692FBEA5521E1304"/>
<add assembly="CrystalDecisions.ReportSource, Version=11.5.3700.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=692FBEA5521E1304"/>
<add assembly="CrystalDecisions.Enterprise.Framework, Version=11.5.3300.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=692FBEA5521E1304"/>
</assemblies>
</compilation>
</system.web>