Вы можете использовать разные конфигурации кэша для каждого домена, например:
app/config/core.php
switch(@$_SERVER['SERVER_NAME']) {
case 'example.com':
Cache::config('default', array(
'engine' => 'File',
'prefix' => 'example_com_'
));
break;
case 'example2.com':
Cache::config('default', array(
'engine' => 'File',
'prefix' => 'example2_com_'
));
break;
default:
Cache::config('default', array(
'engine' => 'File',
'prefix' => 'default_'
));
break;
}