Это может варьироваться в зависимости от версии. Я использую Eclipse 3.5 с CDT 6, и это довольно просто:
Новый проект -> Проект C ++ -> Проект Makefile -> Пустой проект
Снимите флажок «Использовать местоположение по умолчанию» и укажите местоположение, в котором находится корень вашего проекта и Makefile.
Сначала я обнаружил, что это вводит в заблуждение, и провел несколько пробных прогонов в скопированных каталогах, чтобы убедиться, что «Пустой проект» не очистит Makefile, но дело в том, что имя опции, вероятно, вводит в заблуждение как «Пустой» расшифровывается как CDT не создаст для вас Makefile (но не удалит существующую версию)