Полагаю, у вас может быть скрытое главное окно, и когда оно будет восстановлено из трея, оно откроет Window2, который будет содержать ВЕСЬ интерфейс, когда вы свернете приложение, Window2 может быть закрыто (таким образом, уничтожено). Или, возможно, можно открыть Window2 напрямую, дважды щелкнув значок в трее или через контекстное меню ...
Но это все равно может не дать желаемого результата, потому что сборщик мусора обычно не заботится о сборе мусора, если на подсистему памяти не оказывается давление (например, у вас заканчивается свободная память).
Хотя я видел сборщик мусора (или, возможно, это функция Windows), выкладывающий большую часть приложения в файл подкачки, когда он свернут. Но я не стал вдаваться в подробности, поэтому не могу сказать, что или когда именно это вызывает.