Есть ли событие сразу после или во время обновления clickonce, которое я могу перегрузить или подписаться?
Вы можете подписаться на следующие события
См. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.deployment.application.applicationdeployment_events.aspx
Используйте API-интерфейсы System.Deployment.Application для пользовательских обновлений. Это будет делать именно то, что вы хотите
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.deployment.application.aspx