Попробуйте что-то вроде этого:
$output = array();
$result = -1;
exec('`/usr/bin/which lame` --help 2>&1', $output, $result);
var_dump($output, $result);
$ output должен быть массивом строк, содержащихся в выходных данных
$ result должно быть целочисленным кодом результата. 0 - это обычно успех,> = 1 - ошибка (конкретные коды зависят от приложения).
Часть 2> & 1 перенаправит STDERR в STDOUT ($ output), который обычно отбрасывается. Так что, если он выдает ошибку, вы должны увидеть ошибку (надеюсь).
Если вы получите -1 для дампа $ result, возникнет фундаментальная проблема, потому что это неправильный код результата (вероятно, это означает, что exec отключен или процесс, который вы пытаетесь запустить, ограничен из-за разрешений ошибки или такие) ...