Если вы говорите, что у вас есть «внешние ключи, которые действительно являются внешними ключами, но которые должны быть объявлены как первичные ключи», то вы фактически указываете, что вам не хватает компетенции, навыков и полномочий для проектирования базы данных.
Внешние ключи и «первичные» ключи представляют собой совершенно разные понятия, которые совершенно невозможно спутать друг с другом любым, кто хотя бы немного разбирается в области проектирования баз данных.
Может быть, вы могли бы дать ему вторую попытку объяснить, что вы на самом деле имеете в виду.