Из папки, представляющей основу иерархии вашего пакета, если предположить, что ваш класс точки входа называется Main, в пакете с именем app,
javac -classpath . app/Main.java
должен генерировать правильные определения классов. Компилятор выведет зависимости и скомпилирует все остальные классы, которые необходимы. Файлы классов появятся в том же каталоге, что и их исходные файлы.
Если, как вы говорите, у вас есть класс «более одной записи», вам нужно будет как минимум идентифицировать все эти классы верхнего уровня из иерархии зависимостей, которые могут быть перечислены как дополнительные параметры для javac, указав пакеты как они происходят. Например, при условии, что вам также нужно начать с другого. Entry
javac -classpath . app/Main.java other/Entry.java
Обратите внимание, что вам все равно придется выяснить, какие из ваших классов являются вершинами независимых иерархий зависимостей, независимо от того, создаете ли вы сценарий ant или делаете это таким образом.