Первый подход делает организации более организованными. Недостатком является то, что у вас слишком много конечных точек. Ваш клиент должен инициализировать несколько экземпляров службы для выполнения операции (например: вам нужно инициализировать службу поддержки клиентов и службу заказов, чтобы сохранить сведения о клиенте и заказе. - Но этого можно избежать, если логически реализовать бизнес-процесс для каждой службы операция).
Второй подход довольно сложен для разработчика клиентских приложений. Преимущество - производительность, поскольку все заключено в одном контракте, вам будет проще оптимизировать код и минимизировать количество обращений в службу поддержки.