Используйте SoupStrainer,
from BeautifulSoup import BeautifulSoup, SoupStrainer
import re
# Find all links
links = SoupStrainer('a')
[tag for tag in BeautifulSoup(doc, parseOnlyThese=links)]
linkstodomain = SoupStrainer('a', href=re.compile('example.com/'))
Редактировать: модифицированный пример из официального документа.