Это та же библиотека (тот же API, те же функции), но ElementTree реализован на Python, а cElementTree - на C.
Если вы можете, используйте реализацию C, потому что она оптимизирована для быстрого анализа и низкого использования памяти и в 15-20 раз быстрее, чем реализация Python.
Используйте версию Python, если вы находитесь в ограниченной среде (загрузка библиотеки C не разрешена).