Если вы хотите, чтобы несколько экземпляров Eclipse были открыты в одной рабочей области (с одними и теми же проектами), вам нужно использовать «Окно> Новое окно». Это даже позволит вам перетаскивать виды из одного окна в другое.
Если вы хотите отображать различные наборы проектов в каждом окне Eclipse, то я рекомендую вам использовать настройку «Рабочий набор» для каждой комбинации проектов, с которой вы хотите работать. Затем вы можете выбрать конкретный рабочий набор в проводнике пакетов. Вы можете создавать рабочие наборы, используя «Файл> Создать> Рабочий набор Java».
Что еще нужно учитывать, это то, что Рабочая область - это больше, чем просто группа проектов - все настройки хранятся на уровне Рабочей области. Это означает, что ваши настройки довольно легко не синхронизируются, если вы работаете с несколькими рабочими пространствами.