Информация о связанных файлах записана в файлах проекта (* .csproj). Это может решить проблему:
- исключить конструктор DataSet из проекта
- закрыть Visual studio
- удалить Designer1.cs с диска
- удалить Designer.cs с диска (если он существует)
- Запустите Visual studio
- открыть конструктор DataSet
- теперь у вас должен быть Designer.cs
Альтернативой может быть попытка изменить информацию в файле * .csproj, а затем переименовать Designer1 в Designer во всех местах, где это происходит. Я не пробовал это, но это может сработать.