у вас есть изменения в вашем индексе (поэтапные изменения). либо создайте новый коммит, либо git reset проблемные файлы - все, что лучше всего работает в вашей текущей ситуации
, чтобы избежать конфликтов с изменениями в рабочем каталоге, спрятать их с помощью git stash save, выполнить вишневую кирку и затем git stash pop вернуть их обратно. в качестве альтернативы вы можете совершить их, а затем вишня