ffmpeg-php имеет установку без вывода сообщений или каким-либо образом, чтобы она не отображала ошибки? ближе всего я видел запуск ffmpeg из командной строки в Linux.
Не то, что я знаю, но для того, чтобы обойти вас, вы можете установить свой собственный обработчик ошибок, который может отлавливать и сортировать ваши ошибки ffmpeg. Это чище, чем использование символа @, и это помогло мне в прошлом.
http://php.net/manual/en/function.set-error-handler.php