Я только что решил ту же задачу (должен был превратить интерфейс .net в интерфейс Java), используя возможности VIM:)
void DoMethod1 -> void doMethod1
Foo PerformMethod2 -> Foo performMethod2
:%s/\(^\s*\w\+\s\+\)\([A-Z]\)/\1\L\2/g
Здесь мы ищем (необязательный отступ, за которым следует тип возврата, затем пробел) и затем (заглавная буква). Брекеты - это группы захвата. Затем мы выполняем замену первой группы захвата \ 1 строчной буквы \ L второй группы захвата \ 2.
Это, конечно, требует, чтобы вы открывали файл в Vim, но в любом случае это намного быстрее, чем делать то же самое вручную в Eclipse.