Да, но это не легко. Вы должны быть администратором на сервере, где работает сервер Subversion. Затем используйте svnadmin dump, чтобы выгрузить хранилище, и svndumpfilter, чтобы исключить соответствующий файл, и затем восстановите хранилище. Это дорогостоящая и дорогостоящая операция, которая займет много времени для больших репозиториев.
См. FAQ по Subversion для более подробной информации. Подробный пример того, как это сделать, также приведен в книге Subversion.