Да, переход к веб-приложениям ускорит процесс перезапуска. Еще одна вещь, которую нужно сделать, - сделать ваш global.asax максимально чистым.
Даже с веб-приложениями сайт будет перезагружен, если какой-либо из этих файлов конфигурации будет изменен или сборки в вашем каталоге bin изменятся. Вы не можете это остановить.
Время перезапуска должно быть довольно быстрым, примерно от 2 до 3 секунд. Тем не менее, я видел несколько довольно сложных файлов global.asax, которые настраивали данные уровня домена, которые занимали до 20 секунд. Конечно, они были готовы заплатить эту цену, потому что это сократило их обычное время загрузки страницы с 3 секунд до 0,1 секунды.