Из вашего описания кажется, что вы хотите написать программное обеспечение для очистки HTML или какой-то другой веб-паук. Я думаю, что ваше решение, писать ли GUI или приложение командной строки, должно зависеть от того, кто (пользователи) или какие другие программные компоненты будут использовать или интегрировать вашу программу.
Если нет взаимодействия с пользователем, я думаю, было бы неплохо написать его как программу командной строки. Если у вас есть некоторые параметры, вы можете передать их в качестве аргументов.
Если это будет повторяющееся изолированное задание, вы можете также написать приложение как служба Windows , которая может запускаться с компьютера.