Если вы используете Swing, вот пример, как это сделать.
Edit:
Попробуйте получить контейнер JasperViewer и добавьте его в основной JFrame или JPanel.
Хакерская работа, но она должна сработать.
JasperDesign jd = JRXMLoader.load("FilePath");
JasperReport jr = JasperCompileManager.compileReport(jd);
JasperPrint jp = JasperFillManager.fillReport((jr),null,con);
// Create an instance of the JasperViewer instead of using the static call
JasperViewer viewer=new JasperViewer(jp,false);
// Get the viewers container and add that to the main frame or panel
Container container = viewer.getContentPane();
myMainJFrame.add(container);