Тот факт, что ваши приложения не являются веб-приложениями, не препятствует их запуску на серверах приложений Java EE. Это был бы надежный способ предоставить им любую кластеризацию, какую вы пожелаете, будь то
- Репликация
- отказоустойчивость
- подключение к распределенному бэкэнду
- горячая замена
Я бы действительно предложил вам отказаться от чистого приложения Java SE, чтобы погрузиться в мир Java EE.