Если я правильно понял вопрос, вы можете изменить вертикальный интервал через свойство ItemContainerStyle в TreeView:
<Window.Resources>
<Style x:Key="TreeViewItemStyle" TargetType="TreeViewItem">
<Setter Property="Margin" Value="5 20 5 5" />
</Style>
</Window.Resources>
<Grid>
<TreeView ItemContainerStyle="{StaticResource TreeViewItemStyle}">
<TreeViewItem Header="One" />
<TreeViewItem Header="Two" />
<TreeViewItem Header="Three" />
</TreeView>
</Grid>