pscp -r ../mydir/ xxx@example.com: / var / www / html / xxx / копирует все под mydir, есть ли способ исключить один подкаталог под mydir?
Не с самой командой scp.
Однако ... установите Cygwin, а затем ...
find . \! -name to_exclude -print | cpio -o | ssh where-ever "cd dest;cpio -i -"