Хм ... немного больше деталей было бы полезно ... к сожалению, моя репутация пока не позволяет мне комментировать, поэтому я буду публиковать советы в качестве ответа:
Если ваша служба персистентности не работает в веб-приложении, я настоятельно рекомендую, чтобы это была проблема с подключением к базе данных.
Какую строку подключения вы используете для службы персистентности?
Каковы настройки безопасности в веб-приложении?
От какого пользователя запускается пул приложений?
Проверьте журналы на SQL Server - есть ли там ошибки, связанные с ошибками входа в систему и т. Д.
Поскольку вы размещаете WF Runtime под IIS, тогда определенно стоит убедиться в этом.