Я бы предложил загрузить такой инструмент, как ieHTTPHeaders , чтобы отслеживать заголовки запроса / ответа в IE и видеть, в какой момент IE прекращает отправку cookie или сервер его очищает.
Вы должны увидеть POST на своей странице входа, и сервер должен ответить с помощью Set-Cookie:, и этот cookie должен быть в каждом последующем запросе.