Я не верю, что это возможно с чем-то кроме GIF (слишком большого размера и будет иметь ужасную границу между непрозрачным и прозрачным), MNG (не поддерживается широко) и SVG со сценариями.
Задумывались ли вы над тем, чтобы выяснить, где на заднем плане будет появляться это видео, и поместить этот участок фона в видео в качестве статического фона позади идущего человека?