Убедитесь, что вы обновляетесь до последней версии CU для вашего пакета обновления.
Для BizTalk 2006 R2 с пакетом обновления 1 (SP1) это CU4.
См. http://support.microsoft.com/kb/2682056 для получения дополнительной информации о CU4 для BizTalk 2006 SP1.
Если это по-прежнему не помогает, существует временный обходной путь для экспорта / импорта привязок существующих местоположений приема / портов отправки с помощью адаптера FILE. Это позволяет вам по-прежнему создавать нужные порты / местоположения и разблокировать ситуацию.
В любом случае, если проблема не устранена, вы можете обратиться в Microsoft за этой проблемой.
Это в том случае, если ваша лицензия включает расширенную поддержку, которая продлится до 12 июля 2016 года.
Если у вас нет расширенной поддержки, поддержка закончится 11 июля 2011 года, боюсь ...