Самый простой способ - создать каталог 'trunk', а затем переместить в него все остальное. Вы должны будете скопировать любые свойства вручную, но это не должно иметь большого значения. История для каждого файла, поэтому она должна оставаться.
Другой вопрос, который следует рассмотреть, - есть ли у кого-нибудь еще открытый репозиторий. Объединить будет сложно, поэтому убедитесь, что все зарегистрировали свои изменения, прежде чем сделать это.