С помощью Dominik @ Super User я обнаружил, что в Ubuntu работает apparmor, а мой сервер работает в Ubuntu. Я цитирую из Википедии:
AppArmor позволяет системе
Администратор связывается с каждым
запрограммировать профиль безопасности, который
ограничивает возможности этого
Программа
Конечно же, среди этих программ был mysqld. Таким образом, проблема не в пользователе или его привилегиях, а в ограничениях, наложенных на процесс apparmor. Затем я нашел решение здесь
sudo touch /etc/apparmod.d/disable/usr.sbin.mysqld
sudo /etc/init.d/apparmor reload
Это делает mysqld бесплатным процессом, который для меня, на этом сервере, не является проблемой. Итак, после нескольких дней поиска проблема исправлена!