Для стольких элементов используйте словарь с кортежами в качестве ключей:
dct = {}
dct[(0,0)] = 'X'
if (10,10) in dct:
dct[(10,10)] += 1
else:
dct[(10,10] = 0
# Deleting a row / column
dct.pop((10,0))
dct.pop((10,1))
...
dct.pop((10,10))
Словари очень гибкие.
В качестве альтернативы используйте массив numpy.