Существует функция SetObjectArrayElement (), которая работает с не родными типами. Если вы действительно, действительно хотите использовать этот подход, я думаю, вы могли бы создать массив Longs. У вас все еще могут быть проблемы с преобразованием типов.
Я думаю, что ваша большая проблема здесь в том, что вы пытаетесь привести беззнаковые целые числа к длинным Java. Длинные Java - это подписанные 64-битные числа. Если у вас есть правильное преобразование, вы можете создать массив типа jlong в c, а затем использовать метод SetLongArrayRegion (), чтобы вернуть числа в java.